Theo Petrus Trương Vĩnh Ký, khu vực từ cột cờ Thủ Ngữ đến công trường Mê Linh ngày nay, từ thời Chân Lạp cho đến nhà Nguyễn còn được gọi là Bến Ngự, tức bến sông dành cho vua. Gần vị trí bến đò Thủ Thiêm, sau là phà Thủ Thiêm từng có công trình kiến trúc mang tên Thủy Các, là nhà nơi nhà vua làm việc và nghỉ mát bên sông[3]. Đầu thế kỷ 19, vị trí cột cờ Thủ Ngữ và đối diện trên đường Hàm Nghi ngày nay là trạm Gia Tân (nơi chuyển công văn của triều đình từ Huế vào hoặc chuyển từ Gia Định ra Huế) và nhà Công Quán (nhà khách cho các quan lại hoặc sứ thần nước ngoài trú ngụ).[4][5][6]

Đoạn bờ sông từ xưởng Ba Son cũ (nay là nhà ga Ba Son của tuyến metro số 1 Bến Thành – Suối Tiên và đầu cầu Thủ Thiêm 2) là nơi xuất xưởng những con tàu chiến Việt Nam từ cuối thế kỷ 18. Thời kỳ Lê Văn Duyệt là tổng trấn Gia Định (1812–1832), đoạn bờ sông này là nơi tập hợp chiến thuyền để tập trận thủy quân trong lễ hội thao diễn quân sự diễn ra hằng năm, vào dịp rằm tháng Giêng.[4]

Đến thời Pháp thuộc, khi quy hoạch đô thị Sài Gòn, người Pháp đã hiện đại hóa bờ sông này, xây dựng bến cảng. Toàn bộ khu vực được chia thành nhiều bến, mỗi bến phục vụ tàu thuyền khác nhau[7]. Khu vực từ cột cờ Thủ Ngữ đến công trường Mê Linh là nơi tàu thuyền trong và ngoài nước cập bến. Riêng khu vực từ xưởng Ba Son đến đối diện với tòa nhà Bộ Tư lệnh Hải quân là bến tàu dành riêng cho các tàu chiến[5]. Sau khi người Pháp rời đi, khu vực này tiếp tục được hải quân Việt Nam Cộng hòa sử dụng[8]. Nơi đây có trưng bày nhiều khẩu pháo cổ và các súng bắn pháo hiệu để sử dụng cho việc nghênh đón khách quý hay điều hành duyệt binh trên sông.[4]

Con đường dọc bờ sông cũng mang những tên gọi khác nhau ở từng thời kỳ. Đoạn từ cầu Khánh Hội đến công trường Mê Linh năm 1865 mang tên Quai de Donnai, sau đổi là Quai Napoléon; năm 1870 đổi là Quai du Commerce; năm 1896 đổi là Quai Francis Garnier; ngày 26-4-1920 đổi là Quai le Myre de Vilers. Đoạn từ công trường Mê Linh đến giáp nhà máy Ba Son, lúc đầu mang tên đường Primauguet; ngày 26-4-1920 đổi là Quai d'Argonne. Năm 1955, chính quyền Sài Gòn nhập hai đường Le Myre Vilers và Argonne làm một và đổi tên là Bến Bạch Đằng, tên gọi Bến Bạch Đằng có từ đó. Năm 1980, Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh nhập đường Bến Bạch Đằng với đường Cường Để và đổi tên thành đường Tôn Đức Thắng như hiện nay.[9]